Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi - Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin ekspertiza və elmi-tədqiqat fəaliyyəti ilə məşğul olan baş idarə səlahiyyətli struktur qurumudur.

Mərkəzin fəaliyyəti insan və vətəndaş hüquqlarının və azadlıqlarının qorunması, qanunçuluğun təmin edilməsi, ekspertlərin müstəqilliyi, elm və texnikanın müasir nailiyyətlərindən istifadə edilməklə həyata keçirilən tədqiqatların obyektivliyi, hərtərəfliyi və tamlığı prinsiplərinə əsaslanır.

Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzinin yaranma tarixi 1938-ci ilin avqust ayında Azərbaycan SSR Ədliyyə Xalq Komissarlığı nəzdində təşkil edilən Kriminalistika kabineti ilə bağlıdır. Bu kabinet azsaylı personaldan ibarət olmaqla qrafoloji ekspertizalar aparmaqla fəaliyyətə başlamışdır. Lakin 1951-ci ilin iyun ayında SSRİ Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə həmin kabinet ləğv edilmiş, kabinetin əmlakı və Azərbaycanın hüquq mühafizə orqanları üçün ekspertizaların aparılması vəzifəsi Gürcüstan elmi-tədqiqat kriminalistika laboratoriyasına həvalə edilmişdir. Az sonra, yəni 1956-cı ilin iyununda Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə Bakı elmi-tədqiqat kriminalistika laboratoriyası yaradılmış və bu laboratoriyada qrafoloji, ballistik, trasoloji ekspertizalar aparılmışdır. 1960-cı ilin dekabrında isə bu laboratoriyanın əsasında Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin Hüquq Komissiyası yanında Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası İnstitutu yaradılmışdır.

Cinayətkarlığın kompleks tədqiqini, hüquq pozuntularının qarşısının alınması üzrə elmi cəhətdən əsaslandırılmış proqnozların və konstruktiv təkliflərin işlənib hazırlanmasını təmin etmək məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Sovetinin qərarı ilə 1991-ci ilin iyununda institutun adında və fəaliyyətində dəyişiklik edilərək Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası, Krminalistika və Kriminologia Problemləri İnstitutu adlandırılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin «Ədliyyə orqanlarının inkişafı haqqında» 17 avqust 2006-cı il tarixli Fərmanı ilə Elmi-Tədqiqat Məhkəmə Ekspertizası, Kriminalistika və Kriminologiya Problemləri İnstitutu Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi adlandırılmış və Mərkəz baş idarə səlahiyyətli qurum kimi təsdiq edilmişdir. 

Hazırda Mərkəzdə 20 məhkəmə ekspertizası növü və 41 ekspert ixtisası üzrə tədqiqatlar aparılaraq rəy və arayışlar verilir.

Mərkəzin 2010-cu ilin may ayındakı müraciəti əsasında Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin Məhkəmə Eksperizası Mərkəzi 10 fevral 2011-ci ildə Avropa Məhkəmə Ekspertizası İnstitutları Birliyinin (European Network of Forensic Science Institutes – ENFSI) üzvlüyünə qəbul edilmiş və onun 34-cü ölkəni təmsil edən 60-cı üzvü olmuşdur.

Türk Akreditasyon Kurumunun (TÜRKAK) İdarə Heyətinin 14 may 2013-cü il tarixli qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzi ISO/IEC 17025 ”Sınaq və kalibrasiya laboratoriyalarının yetərliliyi üçün ümumi şərtlər” standartı üzrə akkreditə edilmişdir. 2017-ci ildə akkreditasiya yenilənmişdir.
Akkreditasiya ballistik, trasoloji (o cümlədən daktiloskopik), əlyazmaların və sənədlərin texnik ekspertizaları sahəsində 6 ekspert ixtisası üzrə 16 tədqiqat metodunu əhatə edir. Bu metodlar aşağıdakılardır:

• Atəşli silahın tədqiqat metodu
• Döyüş sursatının tədqiqat metodu
• Gilizin tədqiqat metodu
• Mərmının tədqiqat metodu
• Atəşsiz silahın (soyuq, qaz və pnevmatik silahlar) tədqiqat metodu
• Əl və yalın ayaq izlərinin tədqiqat metodu
• Alət və vasitə izlərinin tədqiqat metodu
• Tamın hissələri üzrə identifikasiyası tədqiqat metodu
• Ayaq izlərinin tədqiqat metodu
• Seriya nişanlarının tədqiqat metodu
• Sənədlərin tədqiqat metodu
• Sənədlərdə təhrif edilmənin tədqiqat metodu
• Möhür və ştamp izlərinin tədqiqat metodu
• Qiymətli kağızların və pul nişanlarının tədqiqat metodu
• Əlyazmaların tədqiqat metodu
• İmzaların tədqiqat metodu

Ekspertiza xidmətinin keyfiyyətinin yüksəldilməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə nazirinin “Məhkəmə ekspertizası fəaliyyətinin təkmilləşdirilməsi ilə bağlı bəzi tədbirlər barədə” 22 avqust 2012-ci il tarixli 13-T saylı Əmri ilə Məhkəmə Ekspertizası Mərkəzinin Gəncə, Şəki, Şirvan regional bölmələri, 28.10.2019-cu ildə isə Lənkəran regional bölməsi təsis edilmişdir.